La France est riche d’un patrimoine génétique exceptionnel avec plus de 50 races bovines, ovines et caprines en sélection et 55 races en conservation. Pour valoriser ce potentiel, plus de 52 000 éleveurs français contribuent à la mise en œuvre de programmes performants d’amélioration génétique et de conservation de ces populations1.
Ces programmes de sélection et de conservation sont mis en œuvre par les Organismes de Sélection agréés dans le cadre de l’application du règlement zootechnique européen.
Ces programmes de sélection ou de conservation sont fondées sur une identification individuelle, permanente et sans réutilisation des identifiants de tous les animaux en sélection. Ce système d’identification est partagé avec les autres usages sanitaires et de traçabilité.
Ces programmes exploitent trois types d’informations : les généalogies des animaux (les pedigree), les performances des animaux et de leurs apparentés (descendants, collatéraux) et les informations issues de la lecture de l’ADN (on parle de génotypage).
Ces informations, gérées dans des systèmes d’information de très grande taille, sont valorisées dans des calculs d’estimation du potentiel génétique des animaux qu’ils pourront transmettre à leur descendance (on parle d’Index ou de valeur génétique).
Chacune de ces étapes du programme de sélection (recueil des filiation, collecte des performances et des génotypages, calcul et diffusion des valeurs génétiques) est conduite en direct ou déléguée à des organisations techniques spécialisées dans cette fonction. .
France Génétique Elevage appui les organismes de sélection dans la mise en œuvre des programmes des sélections. L’interprofession vise à l’amélioration constante de ce dispositif national collectif de très grande envergure qui implique un grand nombre d’acteurs différents. Elle contribue à l’intégration continue des nouvelles connaissances scientifiques, des innovations technologiques, notamment via les systèmes d’information et les méthodes de management de la qualité qu’elle déploie.
1 Chiffres 2023
Généralisé à tous les bovins depuis 1978, étendue par la suite aux ovins et caprins, le système national d’identification individuelle obligatoire, administré aujourd’hui dans le cadre de la Loi de Santé Animale européenne a intégré depuis lors toutes les innovations technologiques, dont l’identification électronique.
Le numéro d’identification unique de chaque animal est la base de l’enregistrement de toutes les informations le concernant tout au long de sa vie : données zootechniques, généalogiques, sanitaires, génétiques… Cette spécificité est un atout de plus pour l’intégration et la fiabilité de toutes les données nécessaires à la richesse et à la précision des valeurs génétiques.
Cette identification s’appuie sur le réseau des chambres d’agriculture et en leur sein des établissements de l’Elevage. Au sein de FGE les chambres d’agricultures sont représentées par leur antenne nationale : Chambre d’Agriculture France.
Les objectifs de sélection de chaque race sont définis par les organismes de sélection, dans le cadre du pilotage du programme de sélection. Ces objectifs, fondées sur des approches scientifiques, intègrent des éléments économiques et techniques pour permettre de produire les animaux adaptés aux conditions futures de production.
Ces objectifs concernent des critères d’aptitudes précis et variés de plus en plus diversifiés. Ils intègrent à la fois la productivité (quantité et qualité des produits) les aptitudes fonctionnelles (fertilité, facilité de vêlage), la durabilité de l’élevage ( longévité des animaux, morphologie de la mamelle, aplombs, efficacité alimentaire, émission de gaz à effet de serre, résistance aux maladies, adaptation au changements environnementaux) pour diminuer les coûts de production et augmenter l’efficience de la production..
Ils intègrent aussi systématiquement la de gestion de la diversité génétique au sein de la population en sélection ou en conservation.
Au sein de FGE les organismes de sélection sont représentés très majoritairement par Races de France.
En plus des performances et des pedigree, un nombre toujours plus importants d’animaux des programmes de sélection sont génotypées : leur ADN est lu pour connaitre les différents variants portés par les animaux et les associer statistiquement à leurs performances. Cette lecture permet aussi une gestion individualisée des tous les gènes d’intérêt identifiés dont la liste s’allonge chaque jour.
La collecte du matériel biologique sur le terrain est assurée par les organismes en contact avec les éleveurs. Ce service est géré au travers d’une valorisation des investissements sur la sélection génomique assumée par Apis-Gène. Pour la mise en œuvre sur le terrain, Apis-Gène s’appuie pour chaque espèce sur des exploitants de la sélection génomique qui commercialisent ce service auprès des éleveur grâce à des réseaux de distribution.
En 2023, 415 000 génotypages ont été réalisés (Source Eliance, RA 2023)
La sélection des reproducteurs est mise en œuvre dans le cadre de programmes de sélection gérés par les Organismes de Sélection. La sélection des reproducteurs repose sur
La très grande ampleur de ces programmes place la France parmi les leaders mondiaux de la sélection bovine, ovine et caprine. Cette place a encore été confortée par l’intégration réussie depuis 10 ans des avancées de la sélection génomique dans les trois espèces.
Au sein de ces programmes de sélection les Entreprises de Sélection conduisent des schémas de sélection des reproducteurs destinés à la monte publique par insémination animale. Elles sont en charge également de la production de semences et du service d’insémination animale.
La diffusion des meilleurs reproducteurs se fait en recourant à l’insémination animale qui est le vecteur le plus efficace de propagation du progrès génétique. Le taux d’utilisation de l’insémination animale varie énormément entre filière de production. Elle est majoritaire en bovin lait, y compris dans les élevages de production et concentrée sur une fraction des élevages en sélection pour les autres filières et espèces.
En France, l’insémination animale est un service mis en œuvre quasi exclusivement par les entreprises de mise en place de statut coopératif. Les éleveurs qui le souhaitent peuvent pratique l’insémination par leurs soins, notamment en bovin ou l’activité des éleveurs représente 15% de l’activité totale.
Les entreprises de sélection et de mise en place sont représentées au niveau national par Eliance.
Toutes les données généalogiques, zootechniques, etc… sont enregistrées et gérées au niveau français via un seul Système National d’Information Génétique piloté par France Génétique Elevage pour le compte des Organismes de Sélection et de leurs partenaires.
Chaque année, il permet l’enregistrement, le contrôle et la valorisation des informations concernant plus de 4,4 millions de nouveaux animaux, 25 millions de nouveaux résultats élémentaires de contrôle laitier, 4,1 millions de nouvelles d’inséminations, et 1,3 millions de nouveaux poids vifs1…
Ce réseau d’échange de données d’élevage et les services associés sont mis en œuvre avec l’appui notamment des organisations régionales de services informatiques (ARSOE) regroupées au niveau national au sein de France Informatique Elevage et Agriculture (FIEA), membre associé de FGE.
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L’évaluation génétique des reproducteurs est réalisée par l’association GenEval pilotée par les fédération Races de France et Eliance pour le compte des organismes de sélection et des entreprises de sélection.
Elle regroupe des équipes d’informaticiens et de généticiens qui mettent en œuvre les méthodes d’estimation du potentiel génétique les plus modernes issues des travaux des unités mixtes de technologie (UMT) génétiques qui regroupent des chercheurs de l’INRAE, Idele et Eliance.
Il existe une UMT en charge des bovins, l’UMT eBis et une UMT en charge des ovins et caprins, l’UMT Star.
Depuis 10 ans, les programmes français de sélection ont vécu une évolution considérable grâce aux progrès technologiques dans l’analyse du génome et dans la sélection génomique. La France a été l’un des premiers pays dont les méthodes d’évaluation génomique, élaborée par l’INRAE, Eliance et l’Institut de l’Elevage, ont été officiellement validées au niveau international par Interbull. Ces méthodes, en utilisant les approches single step qui garantit la prise en compte optimale de toutes les sources d’information (génotypages, performances et généalogies) sont utilisées en routine pour les filières bovines, ovines et- caprines.
L’évaluation génétique précise de très jeunes animaux grâce à leur analyse ADN permet un progrès génétique encore plus rapide, sur une palette plus grande de caractères, qui débouche sur une offre élargie de reproducteurs.
Dans un objectif d’efficacité et de cohérence, les méthodes, protocoles et procédures techniques de chaque étape sont identiques pour toutes les races de même finalité (viande ou, lait) d’une même espèce.
Leur définition, leur évolution et l’assistance technique aux programmes d’amélioration génétique sont assurées par France Génétique Elevage avec l’appui de l’Institut de l’Elevage (Idele), membre associé de FGE. Depuis 40 ans, cette organisation nationale d’expertise et de Recherche/Développement assure également l’assistance à maitrise d’ouvrage des systèmes nationaux d’identification / traçabilité et de génétique.
Ces procédures sont basées sur les recommandations internationales formulées par l’association ICAR (International Committee fro Animal Recording). Le respect de ces recommandations est matérialisé par l’attribution à FGE par ICAR de sont certificat qualité, régulièrement renouvelé, par période de 5 ans, depuis le début des années 2000.
France Génétique Elevage bénéficie du soutien financier de la Confédération Nationale de l’Elevage